En tiempos prehistóricos (2600-2000 a. C.), El Pireo era una pequeña isla montañosa entre Ática y Salamina. Sus bahías naturales recibieron los barcos de los primeros habitantes de Ática, y cuando el islote se unió al continente y se convirtió en su península, las bahías se convirtieron en los puertos de Atenas.

A partir de este momento, El Pireo unirá su destino al de Atenas. En los años clásicos se convirtió en la base de la República de Atenas hacia su dominio comercial, político y cultural en el mundo de la antigüedad clásica.

El puerto natural de Zea (Pasalimani) fue la estación naval central de la antigua Atenas, como lo demuestran los restos actuales de los cobertizos para botes. El puerto de Munichia (Microlimano) fue también una estación naval y sede de los dos barcos sagrados de Atenas. Las edificaciones navales necesarias (astilleros, cobertizos para botes), así como todas las edificaciones públicas y privadas relacionadas, se ubicaron en el área de los dos puertos, siguiendo un modo racional de desarrollo. En el lugar del actual puerto central estaba el antiguo puerto comercial, Emporion (así llamaban los antiguos a la parte de los puertos que estaba destinada a servir fines comerciales).

La gran actividad comercial del antiguo puerto atrajo a una gran población de mercaderes (residentes) extranjeros, cuya presencia confirió a El Pireo un carácter especial «cosmopolita», en contraste con la sociedad más conservadora de Atenas. Esto se refleja de manera más general en las actitudes políticas y culturales de los originarios del antiguo Pireo. La destrucción de El Pireo por los romanos en el 86 a. C. y el declive de Atenas como centro de importancia política o cultural convirtió a El Pireo en una ciudad insignificante y a su puerto en un puerto regional de rudimentaria actividad comercial y de pescadores.

Durante la lucha por la independencia (siglo XIX), El Pireo se convirtió en campo de grandes batallas entre griegos y turcos. La independencia nacional en 1824 y la promoción de Atenas como capital del estado recién establecido en 1834 convirtieron a El Pireo en un importante puerto del país. La segunda mitad del siglo XIX es un período de desarrollo residencial, económico y social único de El Pireo: además de un gran puerto, la ciudad se desarrolló de manera organizada (el plan urbanístico de El Pireo fue elaborado por los arquitectos Stamatis Kleanthi y Eduard Schaubert en 1834, un año posterior al plan urbanístico que ellos mismos acababan de presentar para el centro histórico de Atenas -plan que no se llevó a cabo y que fue modificado posteriormente por Leo von Klenze) con una arquitectura notable: edificios públicos de utilidad pública, residencias y más tarde megalópolis, comercios, oficinas, artesanías, fábricas, hoteles, etc. conforman el carácter arquitectónico de la ciudad. El Pireo se convirtió gradualmente en el principal centro industrial del país. Su crecimiento demográfico es explosivo, ya que miles de migrantes internos acuden a sus incipientes barrios en busca de fortuna económica.

En 1922, oleadas de refugiados del helenismo asiático menor duplicarán la población de El Pireo: miles de nuevos residentes, de gran riqueza social e intelectual, se concentrarán en la zona. El Pireo era ahora la sociedad más dinámica del nuevo estado. La destrucción del puerto por los alemanes en 1941 durante la Segunda Guerra Mundial, su bombardeo por los Aliados en 1944 y los conflictos civiles que siguieron a la liberación pusieron fin temporalmente a este desarrollo.

A partir de la década de 1950, El Pireo experimentó un nuevo desarrollo, lamentablemente descontrolado y con importantes consecuencias para el entorno natural y residencial del bello puerto y de la ciudad, que antes de la guerra era una de las más bellas del Mediterráneo. Sin embargo, El Pireo de hoy, un moderno centro comercial, marítimo e industrial, lleva una notable carga histórica, social y cultural, con la que aún conmueve al visitante moderno.